Les bactéries :

Les bactéries sont des décomposeurs très efficaces. Ces micro-organismes jouent un rôle essentiel dans la transformation de la matière organique du compost. Elles utilisent une vaste gamme d'enzymes pour briser chimiquement les molécules végétales. À l'aide de ces enzymes, elles vont d'abord briser les parois des cellules des tissus des végétaux tendres. Ensuite, elles vont se nourrir du contenu de l'intérieur des cellules. Les premières bactéries à coloniser le compost sont les mésophiles qui aiment vivre à des températures variant entre 30º et 45º Celsius. Avec l'augmentation de la température les bactéries thermophiles vont s'installer. Celles-ci préfèrent une température autour de 60° C. Les bactéries seront toujours présentes dans le compost.

Les cyanophycées:

Les cyanophycées sont des bactéries photosynthétiques oxygéniques capables de fixer l'Azote atmosphérique grâce à des cellules spécialisées appelées hétérocystes. Elles possèdent de la chlorophylle «a». Leur système photosynthétique est très proche des végétaux chlorophylliens. Elles sont souvent appelées algues bleues. Elles vivent dans les premiers centimètre du composte exposé à la lumière.

Les actinomycètes :

Les actinomycètes sont un groupe de bactéries filamenteuses présentes dans le sol. Elles ressemblent à des champignons. Ce sont  des bactéries qui développent des filaments très fins 0,5 µm tout autour de la spore. On pensait que cette bactérie était un organisme entre un champignon et une bactérie. Cependant, la phylogénie moléculaire a établi qu'ils appartenaient au groupe des Eubactéries. Ces bactéries possèdent des enzymes capables de dégrader les matières organiques complexes comme la cellulose, la lignine et la chitine en sucre simple. Les actinomycètes deviennent actifs quand l'activité des bactéries diminue. Les Actinomycètes sont à l'origine de plusieurs des antibiotiques que l'on utilise. Ils jouent un rôle très importants du recyclage des matières organiques mortes du sol.

Les champignons :

Les champignons jouent un rôle complémentaire au travail des bactéries dans la décomposition de la matière organique du compost. Ils peuvent très rapidement dégrader la cellulose et la lignine des végétaux. Malgré qu'ils sont présents à toutes les étapes du compostage, ceux-ci ne tolèrent pas très bien des températures supérieures à 50 C. Après la phase thermophile et le travail intense des bactéries, ils vont étendre leur réseau de mycélium dans tout le compost pour s'alimenter de la cellulose et de la lignine en sucre simple. C'est la saccharification.

Les virus:

Les virus pathogènes pour l'humain généralement ne résiste pas à la forte chaleur produite par le compost. Une exposition d'une température de 60° C pendant une semaine assure une bonne hygiénisation des matières organiques. Les virus sont présents partout dans l'environnement. Chaque virus infecte un hôte spécifique comme une plante, un insecte, une bactérie, etc. Les virus présents dans le compost infecte probablement une bactérie, un collemboles ou un insecte mais, ils ne sont pas pathogènes pour les humains.

Les nématodes (ou némathelminthes):

Les Nématodes sont des vers microscopiques ronds et translucides qui dévorent les champignons, les bactéries, les insectes et les larves. Ils vont libérer une grande quantité d'azote dans le sol. Si le compost devient trop sec, ils vont former des kystes pour se protéger. Après une ré-hydratation, ils vont reprendre leurs activités.

Les acariens:

Les acariens sont de petits représentant des Arachnides. Il existe plusieurs espèces d'acariens. Dans le composte, on risque d'y retrouver deux espèces. Les Oribates saprophages vont contribuer à la fragmentation de la matière organique du compost. Les Gamasides carnivores s'alimentent de petits vers, des oeufs de collemboles.

Les collemboles:

Les collemboles ressemblent à de petits insectes. Cependant, ils sont dépourvus d'ailes et ils ne passent pas par une phase larvaire. Aujourd'hui, on les classe dans les hexapodes. Ils sont plus apparentés aux crustacés. Ils se nourrissent de micro-organismes du compost.

Les cloportes:

Les cloportes  sont de petits crustacés terrestres. Ils ont besoin d'un milieu humide pour vivre. Ils s'alimentent de la matière organique morte du compost.