À l'automne les journées plus froides et les heures d'ensoleillement qui diminuent provoquent un ralentissement de la montée de sève brute vers les feuilles. La production de chlorophylle va s'arrêter. L'arbre produira de l'éthylène en plus grande quantité que l'auxine. L'éthylène et l'auxine sont deux phytohormones. Le printemps et durant l'été, l'auxine stimule la croissance de l'arbre. L'automne la plus grande concentration d'éthylène va provoquer la destruction de la chlorophylle et une dégradation des protéines. Les éléments minéraux et les acides aminés provenant de cette dégradation vont être dirigés vers le reste de l'arbre et seront entreposés dans celui-ci pour l'hiver jusqu'à leurs réutilisations le printemps prochain.
La chlorophylle des feuilles pour le processus de la photosynthèse absorbe la lumière dans la gamme du rouge (645 nm à 660 nm) et du bleu (430 nm à 445 nm). C'est pourquoi une feuille en santé pleine de chlorophylle nous apparaît verte.
Il existe dans les feuilles de certains arbres deux autres pigments. Ils vont révéler leurs présences lors de la destruction de la chlorophylle. La carotène est un pigment de couleur orange qui absorbe la lumière dans la gamme bleu-vert et bleu (400 nm à 500 nm). Elle va donner la couleur jaune de nos feuilles d'automne.
Enfin, les anthocyanes sont des pigments qui absorbent la lumière dans la gamme du bleu, bleu-vert et du vert (475nm à 560 nm). Ils joueraient un rôle de protection de l'ADN des plantes contre les rayons UV. Ils auraient aussi un rôle d'attraction sur certaines espèces pollinisatrices. On les retrouve dans les vacuoles des cellules végétales. Ils changent de couleur en fonction de leur nature et du degré d'acidité ou de basicité du liquide vacuolaire. Ils nous donnent les tons de rouges, bleus et de mauves. Lorsqu'ils sont présents avec les carotènes, nous obtenons les tons de rouges et d'oranges. Pour que la couleur des anthocyanes se manifeste, il nous faut trois éléments. Un pH plus ou moins acide, un liquide vacuolaire très sucré et de la lumière.
